（1）大型發酵罐的清洗以冷清洗為宜。因為熱情清洗對設備本身不利。容器設計時沒有考慮忽冷忽熱時引起的溫差應力，從而縮短容器的使用壽命。建議清洗溫度不超過40℃。
（2）清洗液回流泵的流量應當比清洗泵高約25%，這樣可避免大量液體在錐形罐停留。否則，罐就會被“淹沒”。如果洗罐的同時清洗管路，就要把清洗管路的清洗液用量也考慮進去。
（3）含氯的清洗劑和滅菌劑都能對不銹鋼產生侵蝕，使用不銹鋼材質的發酵罐時，要特別注意。常用的奧氏體不銹鋼如304，對氯離子濃度的安全使用界限為≤25μL/L，所以選擇清洗劑或殺菌劑，一定要考慮氯離子的濃度。
（4）目前，絕大多數的CIP系統沒有連接發酵罐的取樣閥（管），無法對取樣管路進行有效的清洗，這樣對樣品的真實性有很大影響，尤其對微生物的檢驗和控制影響更大。因此，必須打開取樣閥，使清洗液也能流過取樣閥，使之得到清洗。
（5）安裝固定式洗球時，必須能夠使之刷洗到洗球上部的區域，在洗球的低部位應當留一個小孔，使洗滌器內不留殘液。采用旋轉噴射型洗滌器時應能自動監視自轉情況。
（6）經常檢查清洗劑、滅菌劑的溫度和濃度等參數是非常重要的。如果在高溫下清洗大的發酵罐，必須考慮當大罐罐身還很冷時，則會抵消清洗液的熱量，使洗滌無法保持預定的溫度。因此，在循環清洗時，應在回路進行溫度測量，以確定所清洗部位是否都達到了同樣的溫度。由于清洗過程中酸和堿會被稀釋，需定期檢測和調節其濃度。
（7）由于大罐的清洗和滅菌耗費很大，有必要將這筆費用降到低限度。因此，大罐清洗時能夠簡化清洗程序，如選用具有清洗和滅菌雙重作用的洗滌滅菌劑，使清洗和滅菌兩個過程一次完成。也可以使用免沖洗滅菌劑，節省制備無菌水的費用和后一次沖洗的時間。
（8）對于清洗過的發酵罐，要進行*的微生物檢查，以防止感染雜菌。當發現微生物超標時，必須通過廣泛深入的清洗和滅菌來確保發酵的安全性。